Les complexes protéiques présents dans le docking benchmark v5.5 appartiennent à des groupes fonctionnels et structuraux variés.
Les interactions entre protéines jouent un rôle clé dans de nombreux processus cellulaires, comme par exemple pour les phénomènes de transport, de signalisation ou réponse immunitaire. La modélisation à l’échelle moléculaire des assemblages protéiques repose traditionnellement sur des logiciels de docking qui vont générer des ensembles de modèles du complexe ciblé, dont la qualité sera évaluée en comparant ceux-ci à une unique structure expérimentale de référence.
La publication au printemps 2021 du logiciel de prédiction structurale Alpha-Fold2, suivi dès l’automne par Alpha-Fold-Multimer, qui est spécifiquement dédié à la prédiction des assemblages protéiques, a profondément bouleversé le paysage de la bioinformatique structurale. Néanmoins, ces outils d’une efficacité remarquable restent limités à une vision purement statique des objets qu’ils décrivent, alors que l’on sait désormais que les protéines et leurs complexes sont bien des objets flexibles, et que la dynamique de l’interface entre deux protéines est un élément central de sa fonction.
L’objectif du projet DynaBench est donc de décrypter et caractériser la dynamique au niveau des interfaces protéiques formées par des complexes d’intérêt biologique. Pour ce faire, la dotation exceptionnelle de 90 millions d’heures CPU sur Joliot-Curie allouée par GENCI a permis de réaliser des calculs de Dynamique Moléculaire sur l’ensemble des 250 complexes protéiques qui forment le Docking-Benchmark 5.5, une base de données de référence pour les modélisateurs qui comprend des systèmes
appartenant à des groupes fonctionnels variés. L’analyse des trajectoires ainsi générées (qui seront mises à la disposition de la communauté scientifique) va permettre de caractériser ces interfaces dans une perspective dynamique et de mieux comprendre, à l’échelle atomique, comment ces objets interagissent dans la cellule pour réaliser leur fonction biologique.
En 2023, ce projet fait l’objet d’un financement via le PHC Bosphore en collabo- ration avec la Turquie.